Như đã phân tích ở Chương 3, phương thức quản lý NLTC cho XDNTM chủ yếu vẫn là phương thức quản lý theo đầu vào, điều này đã ảnh hưởng nhiều đến tiến độ thực hiện Chương trình XDNTM. Do đó, cần đổi mới phương thức quản lý ngân sách theo đầu ra. Quản lý theo đầu ra (theo kết quả) là một phương thức quản lý tập trung vào việc thực hiện và đạt được các kết quả, mục tiêu đã định một cách hiệu lực, hiệu quả, minh bạch và đảm bảo trách nhiệm giải trình. Theo cách thức quản lý này, các nhà quản lý không quá chú trọng đến các yếu tố đầu vào như kinh phí, nguồn nhân lực, vật lực hay cách thức triển khai, thực hiện chương trình… mà tập trung vào các kết quả thực hiện. Nó cho phép người thực hiện chủ động, sáng tạo trong việc thực hiện để đạt được kết quả đặt ra theo đúng mục tiêu đã đề ra. Căn cứ vào kết quả đạt được, những dự án mang lại kết quả tích cực sẽ được ưu tiên trong phân bổ và xem xét thực hiện tiếp đối với các đối tượng khác. Kết quả của một dự án được xem là căn cứ quan trọng để phân bổ ngân sách. Những dự án mang lại tác động tích cực nhiều hơn sẽ được ưu tiên hơn trong phân bổ. Khi quản lý theo cách thức này, mặc dù chú trọng hơn đến kết quả đầu ra nhưng chúng ta cũng phải xác định được các yếu tố đầu vào, cách thức thực hiện và kết quả đầu ra.