Như đã phân tích ở Chương 3, phương thức quản lý NLTC cho XDNTM chủ yếu vẫn là phương thức quản lý theo đầu vào, điều này đã tác động nhiều tới tiến độ thực hiện Chương trình XDNTM. Do đó, cần đổi mới phương thức quản lý ngân sách theo đầu ra. Quản lý theo đầu ra (theo kết quả) là một phương thức quản lý tập trung vào việc thực hiện và đạt được những kết quả, mục tiêu đã định một cách hiệu lực, hiệu quả, sáng tỏ và đảm bảo trách nhiệm giải trình. Theo cách thức quản lý này, những nhà quản lý ko quá chú trọng tới những yếu tố đầu vào như kinh phí, nguồn nhân lực, vật lực hay cách thức triển khai, thực hiện chương trình… mà tập trung vào những kết quả thực hiện. Nó cho phép người thực hiện chủ động, thông minh trong việc thực hiện để đạt được kết quả đặt ra theo đúng mục tiêu đã đề ra. Căn cứ vào kết quả đạt được, những dự án mang lại kết quả tích cực sẽ được ưu tiên trong phân bổ và xem xét thực hiện tiếp đối với những đối tượng khác. Kết quả của một dự án được xem là căn cứ quan yếu để phân bổ ngân sách. Những dự án mang lại tác động tích cực nhiều hơn sẽ được ưu tiên hơn trong phân bổ. Lúc quản lý theo cách thức này, mặc dù chú trọng hơn tới kết quả đầu ra nhưng chúng ta cũng phải xác định được những yếu tố đầu vào, cách thức thực hiện và kết quả đầu ra.