Trong giai đoạn 2010-2018 thì mô phỏng tổ chức bộ máy thu thuế theo hướng tập trung sử dụng nguồn lực, cán bộ với chuyên môn sâu về thuế TNCN để tăng cường công việc quản lý thuế. Tuy nhiên, mô phỏng này cũng gây ra sự chồng chéo về chức năng quản lý giữa những phòng ban, ko phát huy hết hiệu quả của những phòng ban khác. Ngoài ra, nếu mở rộng đối tượng NNT do phát sinh thêm nhiều đối tượng NNT với thu nhập tăng thêm từ việc hội nhập kinh tế quốc tế (kinh doanh on-line Fb) sẽ dẫn tới làm gia tăng khối lượng công việc, trong lúc nguồn lực vật chất và con người với mô phỏng quản lý hiện tại chưa với sự tương trợ nhiều của những phần mềm quản lý cũng như giao dịch trực tuyến sẽ dẫn tới không liên quan được đòi hỏi của thực tiễn đặt ra.
Vì vậy, để tăng cường hiệu quả quản lý thuế TNCN tại TP.HCM trong bối cảnh hội nhập, cần xếp đặt, cơ cấu lại tổ chức bộ máy của Cục thuế, để tăng cường năng lực và hiệu quả quản lý thuế.
Giai đoạn 2010 – 2012, hệ thống thông tin về NNT chưa hoàn chỉnh với số lượng đối tượng to, do đó thiết yếu thêm phần mềm quản lý để theo dõi tình trạng kê khai nộp thuế, QTT, tình hình nợ đọng của những tư nhân. Việc chấp hành kê khai và QTT của những tư nhân với thu nhập cao làm việc tại nhiều nơi còn rất hạn chế. Việc tư nhân tự giác kê khai thuế, QTT chủ yếu do gắn liền với lợi ích của họ như hoàn thuế, xác nhận tình trạng thuế, những trường hợp đề nghị xét miễn giảm. Chưa với quy chế phối hợp trao đổi thông tin, khai thác dữ liệu của những tổ chức, tư nhân giữa phòng TNCN với những phòng rà soát và phòng kê khai, rà soát thuế. Những bước trao đổi, phân tích dữ liệu tốn nhiều thời kì, tác động tiến độ của công việc rà soát. Hạn chế này là do chưa với phần mềm quản lý NNT, việc lưu trữ thông tin và khai thác dữ liệu phải sử dụng phương pháp thủ công trên bảng tính Excel, nên ko thể kết nối dữ liệu về những khoản thu nhập chịu thuế, ko theo dõi và tổng hợp được số thuế TNCN phát sinh, nợ đọng theo định kỳ. Công việc quản lý nợ chưa thật sự chặt chẽ do số lượng hồ sơ quản lý của từng cán bộ công chức là rất to, kèm theo ko với phần mềm tính thuế và theo dõi nợ đọng cho từng đối tượng nộp thuế, việc quản lý chủ yếu bằng thủ công nên chưa theo dõi chuẩn xác số thuế nợ đọng của từng tư nhân. Mặt khác, nguyên tắc chung của thuế TNCN là khấu trừ tại nguồn, nên tư nhân với thể được khấu trừ thuế tại nhiều nơi, và nhận chứng từ khấu trừ, cuối năm thực hiện quyết toán tại cơ thuế quan nên việc xác định nợ đọng cho từng tư nhân tại một nơi là ko chuẩn xác.
Giai đoạn 2013 – 2018, hệ thống thông tin về NNT, ứng dụng thuế TNCN (PIT) về cơ bản tích hợp đầy đủ những thông tin và thu nhập của NNT. Tuy nhiên, thời kì vận hành chưa nhiều do đó những ứng dụng này vẫn còn chưa phát huy hết hiệu quả tích cực, chưa là dụng cụ đắc lực để tương trợ những công chức trong việc khai thác số thu thuế TNCN.